Se encuentra a la orilla del río Casamance. Antigua capital de la región sur de Senegal, Ziguinchor se ha convertido en la región más húmeda de Senegal con 2000 mm. de lluvia anuales concentrados en los meses de Julio, Agosto y Septiembre.

La región de Ziguinchor limita al Este con la región de Kolda, al Oeste con el Oceano Atlántico, al Sur con Guniea Bissau y al Norte con Gambia.